La commission se réunit sur convocation de son président, au moins quatre fois par an.

Les décisions de la commission nationale sont prises à la majorité des voix, celle du président étant prépondérante en cas de partage égal des voix.

La commission nationale d'indemnisation fixe chaque année, à titre indicatif, au fur et à mesure de sa connaissance des cours réels des marchés, les valeurs minimale et maximale des prix des denrées à prendre en compte pour l'établissement des barèmes départementaux en fonction desquels est calculé le montant des indemnités. Elle fixe également, chaque année, aux mêmes fins, les valeurs minimale et maximale indicatives des frais de remise en état.

Sur proposition de la Fédération nationale des chasseurs, elle établit la liste des experts nationaux auxquels il peut être fait appel pour la constatation des dégâts de gibier ; ceux-ci sont choisis parmi les experts nationaux agricoles et fonciers inscrits sur la liste des cours d'appel, compte tenu de leurs compétences pour certains types de cultures et en matière de dégâts de gibier. Elle détermine les cas dans lesquels il doit être fait appel à des experts nationaux, ainsi que les modalités de leur intervention.