Les contrats Natura 2000 mentionnés à l'article L. 414-3 du code de l'environnement, qui prennent la forme de contrats territoriaux d'exploitation, sont soumis aux règles applicables aux contrats territoriaux d'exploitation. Ils doivent comporter, dans le respect du ou des cahiers des charges figurant dans le document d'objectifs mentionné à l'article R. 214-24, des engagements propres à mettre en oeuvre les objectifs de conservation du site.

Les autres contrats Natura 2000 sont régis par les dispositions de la présente sous-section.

Le contrat Natura 2000 est conclu entre le préfet et le titulaire de droits réels ou personnels conférant la jouissance des parcelles concernées. Lorsqu'il porte en partie sur des terrains relevant du ministère de la défense, le contrat est contresigné par le commandant de la région terre. Lorsqu'il porte exclusivement sur des terrains relevant du ministère de la défense, le contrat est conclu par le commandant de la région terre et contresigné par le préfet, ce dernier étant chargé de l'exécution des clauses financières du contrat.

Dans le respect du ou des cahiers des charges figurant dans le document d'objectifs mentionné à l'article R. 214-24, il comprend notamment :

1. Le descriptif des opérations à effectuer pour mettre en oeuvre les objectifs de conservation ou, s'il y a lieu, de restauration du site, avec l'indication des travaux et prestations d'entretien ou de restauration des habitats naturels et des espèces et la délimitation des espaces auxquels ils s'appliquent ;

2. Le descriptif des engagements qui, correspondant aux bonnes pratiques identifiées dans le document d'objectifs du site, ne donnent pas lieu à contrepartie financière ;

3. Le descriptif des engagements qui, allant au-delà de ces bonnes pratiques, ouvrent droit à contrepartie financière ;

4. Le montant, la durée et les modalités de versement de l'aide publique accordée en contrepartie des engagements mentionnés au 3 ;

5. Les justificatifs à produire permettant de vérifier le respect des engagements contractuels.

Le contrat Natura 2000 a une durée minimale de cinq ans, qui peut être prorogée ou modifiée par avenant.

Les aides financières accordées au titre des contrats Natura 2000 sont versées par le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA), dans le cadre d'une convention passée entre l'Etat et le CNASEA.

Le CNASEA exerce cette activité et en rend compte au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article R. 313-14.

Le préfet, conjointement avec le commandant de la région terre pour ce qui concerne les terrains relevant du ministère de la défense, s'assure du respect des engagements souscrits par le titulaire d'un contrat Natura 2000.

A cet effet, des contrôles sur pièces sont effectués par les services déconcentrés de l'Etat. Ceux-ci peuvent, après en avoir avisé au préalable le titulaire du contrat, vérifier sur place le respect des engagements souscrits. L'opposition à contrôle entraîne la suspension des aides prévues par le contrat Natura 2000.

Lorsque le titulaire d'un contrat Natura 2000 ne se conforme pas à l'un de ses engagements, les aides prévues au contrat peuvent être, en tout ou en partie, suspendues ou supprimées. Si la méconnaissance de ses engagements par le titulaire du contrat est de nature à remettre en cause son économie générale, le contrat est résilié et toute aide perçue en exécution du contrat est remboursée au CNASEA.

En cas de fausse déclaration due à une négligence grave du titulaire du contrat, les aides prévues au contrat sont supprimées pour l'année civile considérée. Si la fausse déclaration a été commise délibérément, les aides sont supprimées également pour l'année suivante.

Les décisions de suspension et de suppression des aides ou de résiliation du contrat sont prises après que l'intéressé a été mis en mesure de présenter ses observations.

En cas de cession, en cours d'exécution du contrat, de tout ou partie du bien sur lequel porte le contrat, le contrat peut être transféré à l'acquéreur. Le transfert, emportant la poursuite des engagements souscrits, est effectué par avenant au contrat.

Si le transfert n'a pas lieu, le contrat est résilié de plein droit et le cédant est tenu de rembourser les aides perçues.

Toutefois, le préfet peut dispenser le cédant de rembourser les aides perçues lorsque sont réunies les conditions prévues à l'article 29 du règlement (CE) 1750/1999 de la Commission du 23 juillet 1999, dans les cas de force majeure mentionnés à l'article 30 de ce même règlement ou au regard de ciconstances particulières à l'espèce.