L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et par les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté des ministres chargés du budget et des sports.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées par décision du directeur général, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics, et avec l'accord de l'agent comptable et de l'autorité chargée du contrôle financier.

L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé de l'économie et des finances.

Les recettes de l'établissement comprennent :

1° Les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et de toutes autres personnes publiques et privées ;

2° Le produit des droits d'entrée au musée, des visites et ateliers accompagnés, des services d'initiation aux sports ;

3° Les recettes des événements et manifestations culturels, éducatifs ou sportifs organisés par l'établissement ;

4° Les recettes provenant des activités pédagogiques, des formations et des éditions ;

5° Le produit des opérations commerciales de l'établissement, dont l'exploitation des commerces associés et des services ;

6° Le produit de la concession à des tiers d'activités liées au fonctionnement de l'établissement ;

7° Les dons, les legs et versements faits à titre de souscriptions individuelles et collectives ;

8° Le revenu des biens, fonds et valeurs de son patrimoine, ainsi que le produit de leur aliénation ;

9° Les emprunts ;

10° De façon générale, toutes les ressources provenant de l'exercice de ses activités dont il pourrait légalement disposer et les recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Les dépenses de l'établissement comprennent :

1° Les frais de personnel ;

2° Les frais de fonctionnement, de restauration, d'équipement et d'entretien ;

3° Les frais d'acquisition des biens mobiliers et immobiliers ;

4° De façon générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Les immeubles appartenant à l'Etat et nécessaires à l'exercice des missions de l'établissement lui sont attribués, à titre de dotation, par arrêté conjoint des ministres chargés du domaine et des sports.

L'arrêté fixe la liste des immeubles et les conditions de l'attribution à titre de dotation.

L'établissement assure la gestion desdits immeubles. Il supporte également le coût des travaux d'aménagement et de grosses réparations de ces immeubles.