La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore, anime et évalue les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en ce qui concerne :

- les matières économique, financière, sociale et environnementale, ainsi que la santé publique, comprenant notamment les atteintes à la probité, la fraude fiscale et sociale, le droit pénal de la consommation, les infractions en matière de contrefaçon, les infractions du code de la santé publique et en matière de dopage, les infractions au code de l'environnement, ainsi que le blanchiment des infractions relevant de ces matières ;

- la saisie et la confiscation des avoirs criminels ;

- la lutte contre la criminalité organisée, le blanchiment, et les infractions à la législation sur les stupéfiants ;

- la lutte contre le terrorisme, les crimes contre l'humanité et les crimes de guerre ainsi que la participation aux politiques publiques de lutte contre la radicalisation ;

- la lutte contre la cybercriminalité ;

- l'entraide pénale internationale.

Elle assure le suivi de l'action publique et élabore les instructions générales de politique pénale adressées aux procureurs généraux.

Au titre de l'entraide pénale, en sa qualité d'autorité centrale, elle assure en lien avec les juridictions la gestion des demandes d'entraide françaises et étrangères, des demandes d'arrestation provisoire, des demandes d'extradition et de transfèrement en liaison avec la direction générale de l'administration pénitentiaire, ainsi que le suivi des mandats d'arrêt européens. Elle est le point de contact national du réseau judiciaire européen en matière pénale.