Les agents délégués perçoivent les mêmes indemnités que celles prévues pour les agents de leur catégorie affectés dans le territoire du lieu de délégation.

Leurs frais de mission sont pris en charge dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.