La commission est présidée par le directeur interrégional des douanes et droits indirects ou par son suppléant qu'il désigne parmi les fonctionnaires des douanes appartenant à la catégorie A.

Lors de la séance, les manquements relevés à l'encontre du débitant ainsi que ses observations éventuelles sont exposés par le rapporteur.

Le débitant et, le cas échéant, son défenseur sont ensuite invités à faire part de leurs observations.

La délibération s'effectue en dehors de la présence du débitant et de son défenseur éventuel.

L'avis de la commission n'est valablement rendu que si au moins trois de ses membres ont participé à la délibération. Le montant de la sanction pécuniaire est décidé à la majorité des voix. En cas de partage, celle du directeur interrégional des douanes et droits indirects est prépondérante.

Les débats et la décision sont consignés par procès-verbal à l'issue de la délibération.