L'agence d'insertion est dirigée par un directeur nommé par arrêté du président du conseil départemental.
Le directeur est recruté sur un emploi contractuel soit par voie de détachement de la fonction publique de l'Etat ou de la fonction publique territoriale, soit directement par contrat à durée déterminée d'une durée de trois ans renouvelable par expresse reconduction, sous réserve de détenir un niveau de formation et de qualification équivalant à celui des agents de catégorie A des fonctions publiques précitées. Le directeur est régi dans son emploi par les dispositions des articles L. 9, L. 516-1, L. 554-3, L. 713-1 et L. 829-1 du code général de la fonction publique. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il passe les marchés au nom de l'établissement et reçoit en son nom les dons, legs et subventions. Il dirige les services de l'agence et peut recevoir par arrêté délégation du président du conseil d'administration pour l'ensemble des actes relatifs au personnel de l'agence. Il tient la comptabilité de l'engagement des dépenses dans les conditions prévues à l'article L. 3341-1 du code général des collectivités territoriales.
La loi n° 2011-884 du 27 juillet 2011 a prévu la mise en place de deux nouvelles collectivités : la collectivité territoriale de Guyane et la collectivité territoriale de Martinique.
A partir de 2015, au même titre que le renouvellement des conseils régionaux de l'ensemble du territoire français, le conseil général et le conseil régional de Guyane ainsi que le conseil général et le conseil régional de Martinique fusionneront en deux nouvelles assemblées délibérantes.