Le conseil d'administration délibère valablement lorsque la moitié de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est réuni à nouveau dans un délai de deux semaines et délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents.

Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

A l'exception de ceux qui peuvent se faire suppléer, les membres du conseil d'administration qui ne peuvent assister à une réunion peuvent donner pouvoir à un autre membre du conseil pour voter en leur nom. Nul ne peut détenir plus de deux pouvoirs.

Le directeur, l'agent comptable, le contrôleur de l'établissement et le président de l'Université Bourgogne Europe assistent au conseil d'administration avec voix consultative.

En outre, le président du conseil d'administration peut inviter à participer à une séance, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.