Les comptes de la Haute autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le président de la Haute autorité après avis de la formation plénière du collège de la Haute autorité et approuvées par le ministre chargé du budget et par le garde des sceaux, ministre de la justice.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier de la Haute autorité est préparé par l'agent comptable et soumis par le président de la Haute autorité à la formation plénière du collège, qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par la formation plénière du collège de la Haute autorité. L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.
Conformément au 1° du I de l’article 22 du décret n° 2023-1394 du 30 décembre 2023 dans sa rédaction issue de l'article 1 du décret n° 2024-60 du 31 janvier 2024, ces dispositions entrent en vigueur le 1er février 2024.