Un commissaire du Gouvernement auprès de la Haute autorité de l'audit est désigné par le garde des sceaux, ministre de la justice. Il siège avec voix consultative. Il n'assiste pas aux délibérations de la commission des sanctions. Il peut demander une seconde délibération des formations du collège.
Conformément à l'article 32 de l'ordonnance n° 2023-1142 du 6 décembre 2023, ces dispositions entrent en vigueur le 1er janvier 2024.