L'exercice comptable correspond à l'année civile. Tous les droits acquis et tous les services faits au cours d'un exercice doivent être comptabilisés au cours de cet exercice.

Le conseil d'administration détermine les règles de tenue de la comptabilité d'engagement du secrétaire perpétuel. Il définit également les règles comptables générales et la nomenclature comptable de l'Académie qui s'inspirent du plan comptable général. Ces règles et cette nomenclature sont transmises à la Cour des comptes.