La séparation comptable entre les prestations de formation professionnelle visées au 1 à 4 de l'article L. 6313-1 du code du travail et les autres activités mises en œuvre par les organismes à activités multiples dont la formation professionnelle est effectuée soit par la tenue d'une comptabilité distincte, soit par l'isolement de ces activités dans des sous comptes déterminés, soit par l'établissement d'une comptabilité analytique.

Une comptabilité distincte est une comptabilité autonome rattachée à la comptabilité, par l'intermédiaire d'un compte de liaison, des autres activités de l'organisme à activités multiples dont la formation professionnelle.

Pour satisfaire à l'obligation visée au 1er alinéa, l'organisme de formation professionnelle doit définir une première clé de répartition des charges indirectes communes à l'ensemble de ses activités qui concernent aussi bien l'immobilier, l'entretien, la maintenance, les différents flux (chauffage, eau, électricité) que les services administratifs à caractère général, mais également ceux liés au personnel. Cette clé est déterminée en priorité, soit en fonction des effectifs propres à chaque activité, soit des mètres carrés occupés par ces activités, soit des heures de prestations réalisées, ou, à défaut, toute autre méthode dûment justifiée et documentée.

Une deuxième clé doit être mise en œuvre, selon les dispositions des articles L. 6352-7 et L. 6352-10, afin de répartir les charges indirectes communes entre l'activité exercée au titre d'une part de la formation professionnelle continue et, d'autre part, de l'apprentissage. Cette répartition des charges indirectes est opérée prioritairement, soit en fonction des effectifs propres à chaque activité de formation, soit en fonction des heures de formation réalisées ou, à défaut, toute autre méthode dûment justifiée et documentée.