Le programme de formation de chaque année, incluant le volume horaire prévu pour chaque matière, les objectifs, le contenu ainsi que les capacités attendues, est établi conformément à la section A-I/6 du code STCW susvisé. Il permet d'atteindre les normes de compétence prescrites et est décrit dans le règlement des études de l'ENSM, qui fixe également l'organisation générale du cursus.
Le règlement des études prévoit des dispositions permettant de s'assurer que les formations et leur évaluation font l'objet d'un contrôle continu dans le cadre d'un système de normes de qualité.