Les représentants de l'administration, titulaires et suppléants, au sein de la commission consultative paritaire sont nommés par l'autorité auprès de laquelle la commission est placée dans les six semaines suivant la proclamation des résultats des élections.

Ils sont choisis parmi les fonctionnaires titulaires appartenant à un corps classé en catégorie A relevant du ministère chargé de l'agriculture ou parmi les agents contractuels de droit public exerçant des fonctions de niveau hiérarchique au moins équivalent à celles exercées par les fonctionnaires titulaires autorisés à siéger, sans toutefois que ces derniers puissent exercer la présidence de la commission.

Pour la désignation de ses représentants, l'administration doit respecter une proportion minimale de 40 % de personnes de chaque sexe. Cette proportion est calculée sur l'ensemble des membres représentant l'administration, titulaires et suppléants.