Les membres des commissions ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans ces instances. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.
Conformément à l'article 20 de l'arrêté du 27 septembre 2022 (NOR : AGRS2227665A), ces dispositions entrent en vigueur en vue du prochain renouvellement général des instances de la fonction publique.