Dans les situations où le conseil médical est saisi sur l'aptitude à la reprise de l'agent, si le fonctionnaire est reconnu apte à exercer ses fonctions, il reprend son activité. Si le fonctionnaire est reconnu inapte à exercer ses fonctions, le congé continue à courir ou est renouvelé pour une nouvelle période sous réserve des droits restants.

A l'expiration de la dernière période de congé rémunéré, il appartient au conseil médical de se prononcer sur l'aptitude du fonctionnaire à reprendre ses fonctions. S'il est présumé définitivement inapte, le conseil médical se prononce également sur l'application de l'article 47 du présent décret.