La direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture comprend :

-le service de la pêche maritime et de l'aquaculture durables ;

-le service des flottes et des marins ;

-le service des espaces maritimes et littoraux ;

-la sous-direction du numérique.

Le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture est le commissaire délégué aux transports maritimes. Il s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement (CEREMA).

Il a autorité sur l'école nationale du service public de la mer.