Le Haut Comité du système de transport ferroviaire est présidé par le ministre chargé des transports, ou son représentant.
Il est composé de trente-sept membres :
1° Deux députés, désignés par le président de l'Assemblée nationale ;
2° Deux sénateurs, désignés par le président du Sénat ;
3° Un représentant des autorités organisatrices régionales de transport ferroviaire, hors région Ile-de-France ;
4° Un représentant d'Ile-de-France Mobilités, sur proposition du conseil d'administration de ce dernier ;
5° Trois représentants des gestionnaires d'infrastructure ;
6° Trois représentants des entreprises ferroviaires ;
7° Deux représentants des exploitants d'installations de service ferroviaire ;
8° Un représentant des industriels du secteur ferroviaire ;
9° Un représentant de la SNCF ;
10° Un représentant des grands ports maritimes ;
11° Un représentant des opérateurs de transport combiné de marchandises ;
12° Un représentant des chargeurs ;
13° Trois représentants des voyageurs ;
14° Un représentant des associations de protection de l'environnement agréés au titre de l'article L. 141-1 du code de l'environnement ;
15° Cinq représentants de l'Etat ;
16° Trois personnalités choisies en raison de leur connaissance du système de transport ferroviaire ;
17° Un représentant des employeurs des entreprises de la branche ferroviaire ;
18° Cinq représentants des salariés des entreprises de la branche ferroviaire.
Le président de l'Autorité de régulation des transports, ou son représentant, le directeur général de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire, ou son représentant, ainsi que le chef de la mission de contrôle économique et financier des transports, ou son représentant, assistent aux réunions du Haut Comité avec voix consultative. Le président du Haut Comité ne prend pas part aux votes.