Le service de santé des armées fixe les règles d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention du ministère. Il veille à leur mise en œuvre et prend, le cas échéant, les mesures nécessaires à l'amélioration de leur efficience.
Le directeur central du service de santé des armées est consulté sur les dispositions règlementaires relatives à la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ou qui ont trait à la santé et à la sécurité du travail dès lors qu'elles comportent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et le fonctionnement du service de médecine de prévention.