Le directoire est composé d'un président, nommé par décret, d'un membre laïque et d'un inspecteur ecclésiastique, nommés par le préfet territorialement compétent, et de deux députés nommés par le consistoire supérieur. Le directoire assure l'administration de l'Eglise.

Le conseil restreint de l'Union nomme les pasteurs sur proposition du conseil presbytéral ; cette nomination est soumise à l'approbation du préfet territorialement compétent. Il nomme les suffragants ou vicaires et propose aux fonctions d'aumônier pour les établissements civils qui en sont pourvus. Il décide, avec l'agrément du préfet territorialement compétent, le passage d'un pasteur d'une cure à une autre. Cet agrément est réputé acquis à défaut de réponse de l'administration au terme d'un délai d'un mois à compter de la notification de la décision du conseil restreint.