Le directeur est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport des ministres chargés de l'industrie et de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.
Le directeur est choisi parmi les personnalités exerçant leurs activités dans des domaines scientifiques et économiques, après avis du conseil d'administration, sur rapport d'une commission composée de trois membres élus en son sein par le conseil d'administration. Le règlement intérieur de l'établissement précise les modalités de désignation du directeur.
Chaque candidat à la fonction de directeur présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'établissement, de toute fonction élective et de toute fonction de directeur d'une structure interne.