Le directeur exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation, à l'exception de la présidence du conseil d'administration, et les textes pris pour son application. Pour l'application des dispositions du 10° du même article, le directeur installe, sur proposition du conseil d'administration, une mission « égalité entre les hommes et les femmes ». Il nomme également les membres des jurys de diplômes et les membres des jurys aux concours d'admission à l'école.
Il est assisté de directeurs adjoints et des directeurs ayant la responsabilité des différentes directions de l'établissement : il procède à leur nomination et fixe leurs attributions respectives. Le règlement intérieur de l'établissement précise les modalités de ces désignations.
Il préside le conseil scientifique et le conseil des études.
Il préside également le comité exécutif, qui comprend les directeurs adjoints, le directeur général des services et les directeurs des directions de l'établissement.
Il peut déléguer sa signature aux membres du comité exécutif, aux autres agents de catégorie A ainsi que, pour les affaires concernant les départements d'enseignement et de recherche, les services et les unités de recherche, constituées le cas échéant avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, mentionnés à l'article 4, à leurs responsables respectifs.