L'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Le budget est élaboré dans le respect de la coordination budgétaire prévue à l'article 28 des statuts d'Université Côte d'Azur.