Le secrétaire général de la Commission nationale des sanctions peut être assisté d'un secrétaire général adjoint.
Le secrétaire général instruit les affaires soumises à l'examen de la Commission, en relation avec le rapporteur. Il ne peut recevoir d'instruction du président et des autres membres de la Commission dans l'exercice de cette attribution.
Il assure le suivi de l'exécution des décisions de la Commission.
Il dirige le personnel de la commission, mis à disposition de celle-ci par le ministre chargé de l'économie ou le ministre de l'intérieur, avec l'accord du président de la commission.