L'Ecole nationale des greffes est dirigée par un magistrat de l'ordre judiciaire ou par un directeur des services de greffe judiciaires, nommé par le garde des sceaux, ministre de la justice, sur proposition du directeur des services judiciaires.

Responsable du budget opérationnel de programme (BOP), le directeur a autorité sur l'ensemble des personnels de l'école et des stagiaires. Il dirige l'ensemble des services, assure le fonctionnement et la discipline intérieure et prend toute mesure nécessaire à la sécurité et au bon ordre de l'école.

Le directeur est secondé dans ses missions par un directeur adjoint spécialement chargé de la programmation, l'animation, le suivi et l'évaluation des actions de formation initiale, continue et d'adaptation à l'emploi.