Le directeur du Centre d'études des nabis et du symbolisme exerce la responsabilité scientifique du centre. Il est nommé parmi les personnalités scientifiques particulièrement compétentes dans les domaines qui intéressent le centre, pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président de l'établissement.
Conformément à l'article 8 du décret n° 2017-219 du 20 février 2017, par dérogation à l'article 24-1, la première nomination du directeur du Centre d'études des nabis et du symbolisme, choisi parmi les personnalités scientifiques particulièrement compétentes dans les domaines qui intéressent le centre, est prononcée par arrêté du ministre chargé de la culture pour une durée de trois ans renouvelable.