Chacune des écoles est dirigée par un directeur. Pour chaque école issue d'une fusion, un ou des directeurs délégués peuvent être nommés en fonction du nombre d'écoles fusionnées. Les attributions des directeurs délégués sont définies par le conseil d'administration.

Chaque directeur ou directeur délégué est nommé pour une période d'au plus cinq ans renouvelable, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé des communications électroniques, pris après avis du conseil d'école et du conseil d'administration de l'institut.

Les directeurs adjoints, autres que les directeurs délégués, et les secrétaires généraux des écoles sont nommés par le directeur général de l'institut, sur proposition du directeur de l'école. Un secrétariat général commun à plusieurs écoles de l'institut peut être constitué par décision du conseil d'administration de l'institut, après avis des conseils d'école concernés. Dans ce cas, le secrétaire général est nommé sur proposition conjointe des directeurs d'écoles concernés.