Le conseil scientifique assiste le président et le conseil d'administration dans la définition de la politique scientifique de l'établissement. Il assure l'évaluation des activités de ce dernier, en matière de recherche et d'exploitation des résultats de celle-ci, de formation, de diffusion culturelle et de valorisation de l'archéologie.

A ce titre, il délibère notamment sur :

1° Le projet de programme d'activité scientifique de l'établissement et les rapports d'activité correspondants ;

2° Les conditions générales de mise en œuvre des conventions prévues au quatrième alinéa de l'article L. 523-1 ;

3° Les recommandations générales sur les méthodes de réalisation des diagnostics et fouilles et sur les modalités scientifiques de mise en œuvre par l'établissement de son droit de garde temporaire des objets mobiliers archéologiques ;

4° Les orientations de la politique de l'établissement en matière de publication et de diffusion des résultats ;

5° Les qualifications des personnels appartenant à la filière scientifique et technique, ainsi que les programmes de formation scientifique de ces personnels ;

6° L'évaluation, lors des recrutements, des promotions et des demandes de congé de recherche, des activités des mêmes personnels.

En outre, il émet l'avis mentionné à l'article R. 545-42 du présent code.