La mission d'appui est assistée dans l'exercice de ses missions par un comité consultatif et par un comité d'orientation.
Le président de chacun de ces deux comités est nommé par les ministres chargés de l'économie et de la réglementation de la commande publique, sur proposition du directeur général du Trésor.
Leur composition est arrêtée par les ministres, sur proposition conjointe du président du comité et du directeur de la mission d'appui. Leur secrétariat est assuré par le directeur de la mission d'appui ou son représentant.
L'ordre du jour, les dossiers et procès-verbaux des séances sont élaborés conjointement par leur président et le directeur de la mission d'appui.