Le conseil d'administration, le conseil scientifique et le conseil des études sont composés majoritairement des représentants élus des personnels et des étudiants. Les usagers sont représentés au conseil scientifique par des étudiants en formation doctorale.

Ils comprennent en outre des personnalités extérieures, notamment des représentants des activités économiques, désignées, sur proposition du directeur général, par les membres élus de chaque conseil.

Le conseil d'administration, constitué au maximum de trente membres, comprend également :

1° Le président de l'Université de Bordeaux et le président de la Communauté d'universités et établissements d'Aquitaine ou leurs représentants ;

2° Des représentants de collectivités territoriales ou de leurs groupements sur le territoire desquels est implanté l'établissement, désignés respectivement par leurs organes délibérants ; ces collectivités sont choisies par le conseil d'administration.

Le conseil d'administration élit un président parmi les personnalités extérieures mentionnées au deuxième alinéa dans les conditions définies par le règlement intérieur pour un mandat de quatre ans, renouvelable une fois.

La durée du mandat des membres des conseils est de quatre ans renouvelable, à l'exception des représentants des étudiants dont le mandat est d'un an. Nul ne peut être membre de plus d'un conseil de l'institut.