En cas d'absence ou d'empêchement du président, le comité du secret statistique tient séance sous la présidence du délégué interministériel aux Archives de France ou de son représentant.
Le secrétariat du comité du secret statistique est assuré par l'Institut national de la statistique et des études économiques.
Le comité du secret statistique peut préciser les modalités de son fonctionnement dans un règlement intérieur.