Le directeur général est nommé pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française et sur avis du conseil d'administration. Il est choisi parmi les personnes ayant vocation à enseigner à l'ENSAM.
Chaque candidat à la fonction de directeur général présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Le directeur général ne peut assurer les fonctions de direction d'un centre d'enseignement et de recherche, sauf suppléance pour une période qui ne saurait excéder six mois et dans des conditions prévues par le règlement intérieur.
Le directeur général peut rester en fonction jusqu'au 31 août suivant la date à laquelle il a atteint l'âge de soixante-huit ans.