Chaque commission interrégionale de la recherche archéologique se réunit au moins deux fois par an.

Les responsables scientifiques des services chargés de l'archéologie au sein des directions régionales des affaires culturelles de chacune des régions concernées et le chef du département des recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines, ou leurs représentants assistent avec voix consultative aux réunions.

Chaque commission interrégionale peut inviter à participer à ses réunions toute personne dont elle juge la présence utile ; elle peut entendre des experts choisis en dehors d'elle ou en désigner pour toute mission qu'elle juge nécessaire, notamment parmi les personnalités qualifiées mentionnées au 2° de l'article R. 545-10.

Le président de la commission interrégionale de la recherche archéologique peut mandater un ou plusieurs membres de la commission qu'il choisit en raison de leur spécialité, pour effectuer toute mission, émettre toute préconisation scientifique et technique. Il en informe les autres membres de la commission. Le ou les membres ainsi désignés rendent compte de leur mission et de leurs préconisations lors de la plus prochaine réunion de la commission.

Chaque commission interrégionale de la recherche archéologique adopte un règlement intérieur.