Pour chaque demande d'avis, l'hydrogéologue agréé est choisi par le directeur général de l'agence régionale de santé, sur proposition de l'hydrogéologue agréé coordonnateur, en fonction de sa spécialisation et de ses disponibilités. Il ne peut être désigné s'il a contribué lui-même à l'établissement des dossiers de demande d'avis ou si l'organisme qui l'emploie est intervenu au cours des études préalables.
L'hydrogéologue agréé désigné déclare à l'hydrogéologue agréé coordonnateur, le cas échéant, les liens d'intérêts relatifs au dossier qui lui est confié.