L'hydrogéologue agréé coordonnateur est chargé de répartir les dossiers entre les hydrogéologues agréés du département ou de la région, d'assurer l'animation technique des hydrogéologues du département ou de la région et de les réunir annuellement. En cas de contestation d'un avis par le pétitionnaire, il peut procéder à un arbitrage technique dans un délai fixé par le directeur général de l'agence régionale de santé.
En cas d'empêchement ou de conflit d'intérêts, l'hydrogéologue agréé coordonnateur se fait remplacer par son suppléant.
Chaque année, l'hydrogéologue agréé coordonnateur adresse au directeur général de l'agence régionale de santé un bilan de l'activité exercée par les hydrogéologues agréés.
A la fin de la période d'agrément, l'hydrogéologue agréé coordonnateur rédige un bilan quinquennal des activités exercées et des conditions d'exercice en signalant les difficultés rencontrées au cours de la période par les hydrogéologues agréés.