Le préfet contrôle le respect par les organismes des obligations qui leur incombent en vertu des dispositions de l'article D. 251-14-1 du code rural et de la pêche maritime.A ce titre, ces derniers lui transmettent annuellement des comptes certifiés par un commissaire aux comptes ainsi que, sur la demande de l'administration, tout document nécessaire au contrôle. Tout changement dans les conditions d'exercice à raison desquelles l'agrément a été délivré doit être porté sans délai par l'organisme à la connaissance du préfet.

Le non-respect par les organismes de leurs obligations peut, après que les intéressés ont mis à même de présenter leurs observations, entraîner :
― la suspension de l'agrément pendant une durée maximale de six mois ;
― le retrait de l'agrément.

La décision de suspension ou de retrait est prise par l'autorité qui a accordé l'agrément. Elle doit être motivée.