A défaut d'accord des instances mentionnées à l'article R. 4623-5 ou de l'employeur, les changements de secteur et d'affectation du médecin du travail interviennent sur autorisation de l'inspecteur du travail délivrée après avis du médecin inspecteur du travail.
Un document annuel faisant état de ces changements, ainsi que de tout autre changement d'affectation d'une entreprise ou d'un établissement d'au moins cinquante salariés, est tenu à disposition du directeur régional des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi ainsi que du médecin inspecteur du travail.
L'effectif salarié ainsi que le franchissement du seuil de cinquante salariés sont déterminés selon les modalités prévues à l'article L. 130-1 du code de la sécurité sociale. Lorsque l'entreprise comporte plusieurs établissements, les effectifs sont décomptés par établissement.
Décret n° 2009-1377 du 10 novembre 2009 article 7 I : Les dispositions du présent décret prennent effet, dans chaque région, à la date de nomination du directeur régional des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi (Les arrêtés de nomination de ces directeurs ont été publiés par arrêtés des 30 décembre 2009 et 9 février 2010, parus respectivement au Journal officiel des 5 janvier et 14 février 2010).
Conformément à l'article 15 du même décret elles ne s'appliquent ni à la région Ile-de-France ni aux régions d'outre-mer.
Conformément à l'article 2 du décret n° 2010-687 du 24 juin 2010, les dispositions du décret n° 2009-1377 du 10 novembre 2009 s'appliquent à la région Ile-de-France à compter du 1er juillet 2010.