La Commission nationale pour la lutte contre l'habitat indigne mentionnée à l'article R. 321-1 est constituée d'un représentant de l'agence, d'un représentant des ministres en charge de la santé, de l'action sociale, du logement, d'un représentant du groupe Action Logement, d'un représentant des services communaux d'hygiène et de santé mentionnés au troisième alinéa de l'article L. 1422-1 du code de la santé publique et d'une personnalité qualifiée en matière de lutte contre l'habitat indigne. Ses membres sont désignés par décision du ministre chargé du logement. Pour chaque membre titulaire, il est nommé un membre suppléant.
Cette commission est chargée de rendre des avis sur le financement par l'agence des opérations prévues aux IV et V de l'article R. 321-12 excédant le seuil fixé par le conseil d'administration conformément au 8° du I de l'article R. 321-5. Le directeur général de l'agence peut solliciter l'avis de la commission pour toute opération, y compris celle dont le financement est inférieur au seuil mentionné ci-dessus.
La commission est présidée par le membre nommé en tant que personnalité qualifiée en matière de lutte contre l'habitat indigne. Son secrétariat est assuré par l'agence. Ses modalités de fonctionnement sont définies par un règlement intérieur, approuvé par le conseil d'administration.