Le conseil de perfectionnement comprend au maximum 15 membres désignés par le recteur d'académie et choisis parmi des personnalités éminentes de l'enseignement, de la recherche et du monde économique et social ainsi que des représentants des autres ministères associés au fonctionnement de l'établissement.
Le conseil de perfectionnement est un organe de réflexion. Il donne son avis au conseil d'administration sur le projet d'établissement.