Les grands ports maritimes sont soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés des ports maritimes et du budget après avis du conseil de surveillance.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le président du directoire peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit, sous sa responsabilité, par certains agents du grand port maritime désignés après son accord par le président du directoire. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le président du directoire émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.