Les bassins contenant les poissons sont conçus, nettoyés et entretenus de manière à éviter la sédimentation excessive des matières en suspension. Les boues et autres déchets sont récoltés et stockés dans une structure étanche.
Lorsque les bassins de l'installation sont conçus et exploités de telle manière qu'ils puissent être vidés, nettoyés et désinfectés, ces opérations ne doivent pas avoir de conséquences nuisibles pour la vie aquatique et le biotope de la rivière.
Les ouvrages de stockage des boues sont d'une capacité suffisante, notamment pour faire face aux périodes où l'épandage est impossible. Ils sont conçus pour retenir les lixiviats générés au cours du stockage. Leur implantation, leur conception et leur exploitation minimisent les émissions d'odeurs perceptibles pour le voisinage, notamment lors des phases d'apport et de reprise des boues et évitent tout départ de boues vers le cours d'eau.