Le conseil supérieur est assisté par un secrétaire général placé auprès du président, nommé pour trois ans par arrêté du ministre en charge des droits des femmes.

Le secrétaire général anime les travaux des groupes de travail et commissions du conseil. Il propose un programme de travail pour l'année à venir, soumis à l'approbation du conseil et rend compte au conseil des travaux de l'année écoulée. Il prépare le rapport annuel d'activité mentionné à l'article D. 1145-5.

Pour l'exercice de ses missions, le secrétaire général est assisté par le service des droits des femmes et de l'égalité entre les femmes et les hommes de la direction générale de la cohésion sociale.