Le service de l'eau est constitué par :

A) - Une sous-direction de la coordination et de la programmation qui comprend :

- une cellule coordination interministérielle ;

- une cellule plan et programmation et gestion économique et financière de l'eau ;

- une cellule suivi financier des agences ;

- une cellule suivi technique et administratif des agences ;

- une cellule gestion du personnel des agences.

B) - Une sous-direction de la qualité des eaux continentales,

et marines qui comprend :

- un bureau de l'assainissement ;

- un bureau de la police des rejets ;

- un bureau des eaux marines et des affaires internationales ;

- un bureau des réseaux de mesure ;

- un bureau des eaux souterraines.

C) - Une sous-direction de l'aménagement des eaux qui comprend :

- un bureau de l'hydrométrie et de protection contre les eaux ;

- un bureau de la gestion du domaine public fluvial et de l'aménagement des eaux ;

- un bureau du contentieux et des affaires juridiques.

D) - Une division des affaires générales qui comprend :

- une cellule gestion des moyens du service ;

- une cellule information, formation.

E) - Une division informatique qui comprend :

- une cellule équipement et gestion des matériels ;

- une cellule gestion informatique des réseaux.