L'établissement public mentionné à l'article L. 523-1 est administré par un conseil d'administration. Le président du conseil d'administration est nommé par décret.

Le conseil d'administration comprend, outre son président, des représentants de l'Etat, des personnalités qualifiées, des représentants des organismes et établissements publics de recherche et d'enseignement supérieur dans le domaine de la recherche archéologique, des représentants des collectivités territoriales et des personnes publiques et privées dont l'activité est affectée par l'archéologie préventive ou qui œuvrent en ce domaine, ainsi que des représentants élus du personnel. Les attributions et le mode de fonctionnement de l'établissement public ainsi que la composition de son conseil d'administration sont précisés par décret.

Le conseil d'administration est assisté par un conseil scientifique.