Le fonds de garantie est soumis au contrôle du ministre de l'économie et des finances. Un commissaire du Gouvernement désigné par le ministre de l'économie et des finances exerce au nom du ministre un contrôle sur l'ensemble de la gestion du fonds. Il peut assister à toutes les réunions du conseil d'administration ou des comités qui seraient institués par ce conseil. Il peut se faire présenter tous livres et documents comptables.

Les décisions prises par ou au nom de l'un quelconque des organismes mentionnés à l'alinéa précédent sont exécutoires dans un délai de quinze jours francs à dater de la décision, si le commissaire du Gouvernement ne signifie pas, soit qu'il approuve immédiatement, soit qu'il s'oppose à la décision. Toutefois, le délai ci-dessus est ramené à cinq jours en ce qui concerne les décisions ne comportant pas un engagement financier pour le fonds.