L'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances est administrée par un conseil d'administration composé de représentants de l'Etat disposant de la moitié des voix, de représentants du Parlement et des collectivités territoriales, de représentants syndicaux et de personnalités qualifiées. Son président est désigné par l'Etat parmi ces dernières.

Dans la région, dans le département ou en Corse, le délégué de l'agence est, respectivement, le représentant de l'Etat dans la région, le département ou la collectivité territoriale de Corse. Il signe les conventions passées pour son compte et concourt à leur mise en œuvre, à leur évaluation et à leur suivi.