L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration, de l'exécution des opérations financières de la caisse.

Les conditions dans lesquelles sa responsabilité pécuniaire peut être mise en jeu sont définies par décret. Aucune sanction ne peut être prise contre lui s'il justifie avoir agi en conformité des dispositions dudit décret. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les conditions déterminées par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre de la santé publique et de la sécurité sociale.

Le compte financier de l'organisme est établi par l'agent comptable et présenté au conseil d'administration.