Le directeur général de l'Institut, le secrétaire général et les directeurs et conseilleurs scientifiques de l'Institut assistent, avec voix consultative, aux séances du conseil.

L'ordre du jour est fixé par le directeur général de l'institut.

Peuvent également être entendus sur sa proposition, par le conseil scientifique, des personnalités qualifiées désignées par le directeur général en raison de leur compétence particulière sur une question à l'ordre du jour.

Il est constitué une délégation permanente de sept membres qui comprend, sous la présidence du président du conseil scientifique, cinq membres appartenant aux collèges A1, B1, A2, B2, C1 et C2 élus par le conseil, et un membre du conseil nommé par le directeur général de l'institut.

La délégation permanente est consultée sur la préparation des travaux du conseil scientifique et, en cas d'urgence, sur toute question autre que le recrutement, la promotion et la révocation des personnels appartenant au cadre permanent de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, ainsi que la nomination et la révocation des directeurs des unités de recherche.