Le service à compétence nationale TRACFIN est dirigé par un directeur et un directeur adjoint, désignés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.
Il est composé d'un département d'enquêtes, d'un département institutionnel et d'une cellule chargée des affaires générales, dans des conditions fixées par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie et du budget.