Lorsque l'une ou plusieurs des conditions d'agrément prévues aux articles 3 et 4 ne sont plus remplies ou lorsque l'une ou plusieurs des obligations résultant de l'article 14 ne sont plus respectées, un avertissement est adressé à l'établissement par l'ingénieur général d'agronomie assorti du délai nécessaire à la régularisation de la situation ; à l'issue de ce délai, une mise en demeure du ministre de l'agriculture fixe, le cas échéant, un nouveau délai.

A défaut de suite donnée, le retrait de l'agrément est prononcé par arrêté du ministre de l'agriculture.

En cas d'urgence, l'agrément peut être suspendu par décision du ministre de l'agriculture sur proposition du préfet, de l'ingénieur général d'agronomie chargé de région ou des autorités responsables des inspections et contrôles.